南箫和洞箫的主要区别是音色不同，南箫比洞箫的音量大，更具有穿透性。

南箫是泉州的四大件之一，音色较为低沉，有很强的穿透力，适宜表演多种情景。南箫不仅能独奏也能和其它乐器演奏，比如南箫与古琴的合奏，相辅相成起到相互润饰的作用。南箫是以十目九节，大约一尺八的长度，所以南箫也被称之为尺八。

洞箫是吹管气鸣和次中音乐器，它的音区比曲笛还要低纯四度，洞箫的音域和笛子十分相似。通常把单管直吹，正面有五孔且背面有一孔的乐器称为洞箫，洞箫的发音较为清幽婉转。洞箫通常是用紫竹来制作，也可以独奏，但常用来与古琴合奏或者是用于传统的丝竹乐队中。在购买洞箫时需要注意洞箫的音孔和吹孔的表面是否光滑干净，大小是否一致，也要注意洞箫音准和音色是否符合标准。