1、油墨不同：中性笔所采用的油墨为颜料型，耐水、耐晒、不褪色，油墨性质介于油性和水性墨中间。水性笔使用油墨为纯水性，纸对其的吸收性强。

2、笔头不同：中性笔的笔头主要分为子弹头性、全针管、半针管三种笔头，子弹头型的中性笔较粗，而半针管和针管型的中性笔而较为细。水性笔的笔头大多为圆头，如钢珠笔，而钢笔和毛笔的笔头较为丰富多样。

3、特点不同：中性笔书写手感舒适，油墨粘度较低，润滑性较好。水性笔较油性笔无味，笔尖不易干燥，其笔迹耐光但不耐水，遇到水会渲染开来，不慎摔过就很容易断水。

在使用中性笔时，会发现中性笔芯的尾部有一截黄色的油状物，中性笔芯尾部的油状物叫中性笔尾油锂基酯。锂基酯能够保持良好的保湿密封，防止墨水蒸发或倒流溢出。在中性笔书写时，锂基酯能像活塞一样随时跟进，利用大气压将墨水往下压，保持中性笔书写流畅，直至墨水书写完。