毛边纸和元书纸主要区别在于由来、原料、用途等三个方面的不同。具体如下：

一、由来不同:

毛边纸因明代大藏书家毛晋嗜书如命，好用竹纸印刷书籍，就曾到江西大量订购稍厚实的竹纸，并在纸边上盖一个篆书“毛”字印章，故人们习惯称这种纸为毛边纸，并沿用至今。

元书纸在北宋真宗时期已被选作“御用文书纸”，因皇帝元日庙祭时用以书写祭文，故得名“元书”，又因名臣谢富春推崇此纸生产，故还有谢公纸或谢公笺之称。

二、原料不同：

毛边纸是用竹纤维作为原料，制作出来的纸呈淡黄色。毛边纸强调，富阳工艺，以竹原料为主，会含有其他成分。

元书纸是采用嫩毛竹作为原料，靠手工操作而成的毛笔书写用纸。元书纸强调的是富阳当地活水嫩竹，全竹原料，原生态无化学添加。

三、用途不同：

毛边纸的纸质细腻，薄而松软，呈淡黄色，没有抗水性能，但托墨吸水性能好，既适于写字，又可用于印制古籍，为旧时用途最广的手工制纸。

元书纸具有洁白柔韧、微含竹子清香、落水易溶、着墨不渗、久藏不蛀、不变色等特点。在古代主要用于书画、写公文、制簿册等，现也仍为书画家和书画爱好者喜好的书画用纸，此外，还可作裱装画轴及上等包装纸等。

毛边纸和元书纸的区别简单来说就是毛边纸属于中低端的纸，而元书纸则属于中高端的书法用纸，但是二者本质上还是竹纸。